Az élelmiszerekkel összefüggő mikroorganizmusok lehetnek hasznosak, kórokozók, károsak és szennyezők.

A hasznos mikrobák a termékekben a megszokott előállítási, szállítási és tárolási körülmények között nem okoznak kárt és visszaszorítják a káros mikrobák tevékenységét.
A kórokozó, fertőző mikrobák olyan mikroorganizmusok, amelyek élelmiszerbe vagy a gazdaszervezetbe nagyobb számban bejutva, illetve méreganyagaik révén az élelmiszert fogyasztó emberek vagy állatok egy részénél fertőzéseket és megbetegedéseket idézhetnek elő. A káros és szennyező mikrobák károsan befolyásolják az élelmiszerek eltarthatóságát és ezáltal az emberek, állatok egészségügyi állapotát.
Élelmiszerfertőzés esetén a betegséget a viszonylag kis számban szervezetbe kerülő és elszaporodó mikroorganizmus okozza. Mivel a mikrobák szaporodásához időre van szükség, az ételfertőzés tünetei ezért nem azonnal, hanem bizonyos lappangási idő után jelentkeznek.
Élelmiszermérgezés esetében viszont az elfogyasztott ételben már kész formában van a mikroorganizmusok által termelt méreganyag, amely megbetegedést okoz.
Az ételfertőzést és ételmérgezést okozó fertőző mikroorganizmusok jelentősége egyre nagyobb. Ennek oka lehet egyrészt az élelmiszer-kereskedelemmel járó kockázatok megjelenése, a fogyasztói szokások megváltozása.

A korunkban ételfertőzést és mérgezést előidéző mikrobák egy része a múltban nem okozott gondot, hogy élelmiszerekkel is terjedjenek a fertőzések.
Emellett léteznek ma már veszélyt jelentő mikrobák is, amelyeket régebben nem jegyeztek kórokozóként, de mára megjelentek kórokozó változataik is.